Los hongos fueron agrupados con las plantas por los primeros taxónomos. Aunque ambos reinos comparten, por supuesto, algunas similitudes superficiales, los análisis modernos desde entonces han mostrado que son increíblemente diferentes.
Las plantas y los hongos parecen tener mucho en común. Un observador humano casual podría ver poco para distinguir entre ellos: crecen y mueren en lugares aproximadamente iguales, y cualquier movimiento es indistinguible a simple vista. De hecho, los hongos, mohos y levaduras fueron inicialmente agrupados en la misma categoría taxonómica que las plantas.
Los hongos fueron esencialmente considerados plantas anómalas hasta 1969, cuando el ecólogo Robert Whitaker los clasificó como su propio reino porque se alimentan de materia en descomposición; a diferencia de las plantas, que producen su propio alimento, y de los animales, que consumen otros organismos.
Las plantas contienen cloroplastos, orgánulos derivados de un antiguo evento en el que las cianobacterias llegaron a residir en una célula previamente heterótrofa, lo que permitió que produjeran su propio alimento mediante la fotosíntesis.
Sin embargo, los hongos digierten la materia en descomposición secretando enzimas y absorbiendo los nutrientes resultantes.
Las plantas y los hongos son también diferentes en otros aspectos. De hecho, los hongos están mucho más estrechamente relacionados con los animales que con las plantas: comparten un ancestro común que data de hace aproximadamente mil millones de años. Las paredes celulares de los hongos contienen quitina, que también se encuentra en las paredes celulares de algunos animales.
Sin embargo, las paredes celulares de las plantas mantienen su rigidez gracias a la celulosa.
A pesar de todas sus diferencias, algunas plantas y hongos se han asociado. La mayoría de las plantas terrestres forman alianzas beneficiosas con hongos micorrícicos. Las plantas proporcionan a los hongos azúcares y los hongos aportan a las plantas otros nutrientes extraídos del suelo.
